针对肺炎支原体的治疗药物最常用的药物是阿奇霉素，这个药物治疗有一定疗程的，对于肺炎支原体肺炎的治疗一般需要2-3个疗程。但现在耐药性增加，导致有些患儿治疗效果不佳，因为儿童可选择的药物有限，部分需要用到激素；8岁以上可以考虑用多西环素；成人可以选用莫西沙星等，但说明书上规定不能用于儿童，如果必须要用也要家属签字同意以后再用。如果肺部实变严重的也可以用支气管镜肺泡灌洗治疗以及其他对症支持性的药物。

肺炎支原体肺炎也不一定都要住院治疗。目前肺炎支原体肺炎分为轻症、重症、危重症。轻症不需要住院，可以在门诊治疗，密切观察病情变化，但是需要每日评估疗效。如果重症则需要住院治疗，部分危重症的话可能需要进ICU治疗。